Lo edité en el comentario de abajo jeje Ahí lo expliqué con fotos
Básicamente, la instalación de Windows hay que realizarla con únicamente el SSD conectado, sino coge el HDD para archivos "residuales" de windows. Una vez instalado el SO, conecté el disco.
Sino sale en Mi Equipo es porque hay que ir a Administración de Discos (click derecho en Mi Equipo y Administrar). Allí se va Administración de Discos, deberían salir los que tuvieras conectados (siempre que en tu BIOS tambien aparezcan, sino están mal conectados o falla algo).
Lo siguiente es identificar el disco secundario que no aparece, comprobar si tiene alguna partición ocupada y que no sea información tuya que no quieras perder. Si quieres reservar info de ese disco puedes dejar esa partición y crear otra con el resto de capacidad.
1. Si deseas guardar la configuración de particiones.
Aquí pueden pasar dos cosas: a) que windows haya incluido una partición reservada para el sistema, que la puedes borrar y unificar con el resto de disco libre. Únicamente borras el volumen/partición y listos, se junta. O b) que tengas archivos en ese disco que quieras guardar ahí; en ese caso click derecho en el resto de volumen sin ocupar y darle a Asignar volumen, aquí os pedirá que asignes una letra al disco y listo. Debería salirte 3 discos en el Equipo, el principarl del SO, la partición ocupada por tus datos del secundario y la partición libre del mismo.
2.Si deseas una sola partición en el disco
Si quieres guardar todo el disco secundario libre, le das click derecho-Asignar volumen y sigues los pasos del asistente incluyendo una letra. Y listos.
En el comentario de abajo puse por pasos e imágenes mis pasos.