Quitar SO de disco duro, dejando los datos.

Buenad, verán tengo un lío un poco raro, el otro día se me apagó el ordenador por tocar voltajes, pero eso es otro cantar, al apagrse se rompió el sector de arranque del hdd, intenté arreglarlo pero la reparación automática no funcionó, era de esprar, luego use bootrec /fixboot y me decía que no tenía permisos. Total como tengo un ssd con otro SO instalado, decidí eliminar el SO del hdd, e aquí mi duda, yo eliminé el volumen del sistema, pero el problema esque después de lograr entrar con el sector de arranque del ssd, al entrar en los archivos del hdd, algunos no tengo permisos, y creo que hay posibles archivos o parte del SO y quiero borrarlo completamente, yo simplemente quiero tener mi ssd con SO y el hdd dejarlo de almacenaniento, pero tengo problemas de permisos, problemas de programas que no funcionan, partidas de juegos no existen, etc...

Después de mi parrafada, alguna solución?
O como debería organizar esto.

Un saludo y muchas gracias, por la atención.

¿Has usado algún livecd para repararlo? Tambien podrías acceder a los archivos que quieres y pasarlos a otro disco y luego formatear el hdd

Si, he usado un livecd también.

GParted en un LiveCd suele reparar el MBR del disco duro. También MBRWizard.

El problema, es que eliminé el volumen del sistema, así que ahora me interesa sinplemente dejar el hdd con datos solo, pero tengo los problemas que comentaba anteriormente.

Si con Windows te da problema de permisos con un Linux live copias los datos que quieres mantener a otro disco y luego formateas.