Tampoco me hagas mucho caso, pero según tengo entendido, dependerá totalmente de la placa base y si sus ranuras PCIe3,0 (o inferiores si es un equipo más antiguo) son x16/x8/x4.
Creo que,si por ejemplo, usases dos ranuras x16 (o x8, ambas iguales) el trabajo sería el mismo para ambas tarjetas.
En cambio, si usases una ranura x16 y una x8, la que estuviera situada en la ranura x8 trabajaría menos, o al menos afectaría negativamente al rendimiento... Repito, es sólo lo que yo creo,a ver si algún compañero con mayores conocimientos despeja tus dudas.
Un saludo!