Voy a intentar aportar cosillas a ciegas.
1. Si instalaste el SO en el SSD lo más probable es que no llegases a formatear el disco duro normal. Prueba a ir a Panel de Control, y en la barrita busca "Herramientas administrativas". Al acceder se abre como una carpeta con accesos directos, habría que abrir el acceso llamado "Administrador de equipos". Una vez dentro de administrador de equipos nos salen distintos menús, habría que ir al menú de Almacenamiento > Administración de discos. Ahí aparecen todos los discos que el equipo detecta instalados en el equipo, su tamaño y particiones correspondientes. Busca el disco duro de 1TB en la lista, y si aparece, mira a vez si está formateado. Si no lo está, formatéalo, y tras ello, particiónalo, seleccionando el tamaño y un número de unidad. Si no aparece el disco duro en esa lista es probable que haya algún problema en la conexión del disco, sería conveniente en ese caso comprobar cableado que por lo que estoy leyendo ya lo has hecho + comprobar si desde BIOS te la detecta.
2. Si ya tienes el disco formateado, y con al menos una partición el decidir la ruta de instalación de los programas y aplicaciones es más o menos fácil. Desde regedit es la manera más simple que conozco. Desde el registro de windows ir a HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion, ahí saldrán las rutas predeterminadas de instalación (normalmente son las típicas C:\Program Files (x86)\ para 64 o sin el (x86) para 32). La manera más rápida sería sustituyendo en todos los registros que contengan rutas sustituar la letra C (o la letra que tenga tu M.2, que por defecto es C) por el número de unidad asignado a la partición del disco duro de 1tb