Depende el software que uses para virtualizar, tendras que revisar que la maquina virtual como configurastes el modo de almacenamiento, por ejemplo en Vmware existen los modos (Thin -fino o Thick-grueso) , para otros programas de Virtualizacion podrian variar sus nombres, pero el concepto debe ser similar
Por ejemplo (Thin fino) almacenamiento fino es almacenamiento que se incrementa de manera gradual conforme los vas utilizando, y el aprovisionamiento (Thick o grueso) es un aprovisionamiento que usara desde un principio.
dicho de otro modo si usas 40 GB de manera (Thin) ira consumiendo el espacio de disco duro fisico de tu maquina principal de manera gradual hasta cumplir los 40 Gb,
si usas almacenamiento Thick desde que instalas tu VM de inicio ocupara los 40 GB de golpe de tu Sistema operativo principal.
Sumado a esto tambien hay que revisar que si usas almacenamiento Thin y por ejemplo dentro de tu maquina virtual bajastes archivos y luego los borrastes, tu maquina ya esta usando ese espacio, asi tendras que realizar una reclamacion de espacio para depurar el espacio utilizado y devolver mas almacenamiento a tu disco duro fisico.
Espero te sirva un poco la informacion