Hola dadin.
¿Por qué no pruebas a sacar el disco duro interno de la caja y hacer las pruebas con él fuera?
Es que pueden ser muchas cosas:
- Que esté muy fragmentado.
- Que algo de la caja le esté haciendo mal contacto y baje la velocidad (así de mal).
- Que la controladora o puerto Sata que estás usando estén cascados.
- Que el Sistema Operativo esté hecho un "cisco" (mal).
Haz las pruebas desde una livecd ya de paso, y comprueba la tasa de transferencia, siempre hablando de copias secuenciales, o sea, un único archivo de varios Gigas.
Si con la LiveCD sigue igual de mal, cambia el cable de datos sata por otro, incluso si tu placa tiene puertos sata de diferentes colores, cámbialo a un color que no sea el mismo que estabas usando.
Ya nos cuentas.