si es un disco duro externo o secundario (donde NO tienes el windows que estás ejecutando instalado), desde el propio windows, administrador de discos, y eliminas o formateas las particiones.
si es el disco donde está windows, tendrás que usar alguna herramienta que se pueda arrancar antes de iniciar windows. por ejemplo un LiveCD de ubuntu, y usar gPartEd para formatear la particion de windows. claro, no podrás arrancar más ese windows.