Como no comentas si hablas de una Z77 o Z87, te comento por encima las diferencias de Z87 (- tonteria, + importante):
- Mejor soporte memorias altas frecuencias
+ Segunda ranura PCIe x16 (solo 4 lineas) que permite SLI/CrossFire
+ 4 vs 6 fases de alimentación: mejor overclock, procesador seguramente mas fresco por voltaje mas ajustado
+ Condensadores de mayor calidad: 3/4 lo mismo que arriba
+ Mayor conectividad
Si no quieres hacer overclock y sabes que solo vas a usar una tarjeta, la Pro3 es mejor opción que la Pro4, sean Z77 o Z87. Ahora bien, la Z87 ofrece mayor capacidad de expansión y overclock.