Depende de cada caso en particular. Los Mediatek suelen ser más baratos y tienen mejor relación calidad/precio. Por eso hay celulares más económicos que ponen procesadores Mediatek que son más potentes que los Snapdragon de esa gama. También es habitual que sean más eficientes energéticamente. En potencia gráfica, por lo general, son mejores los Snapdragon. En potencia de CPU también, aunque no siempre. Por ejemplo, el Snapdragon 820 le gana al Mediatek Helio X20, que son los dos gamas altas.
Otro tema es la optimización del software. Puede tener el mejor hardware, pero si no está optimizado, la experiencia de usuario va a ser un asco. Por eso los Moto G salieron tan buenos a pesar de tener un hardware modesto, por ejemplo.
Respecto al tema de actualizaciones depende de la marca independientemente del procesador. Si tienen buena política de actualizaciones, bien y sino, a joderse.
En las ROMs es al revés. Hay más desarrollo para los Snapdragon por lo general, aunque Mediatek mejoró mucho con lo de liberar drivers. Pero también depende del modelo de celular. Si no es popular, es difícil que alguien haya hecho alguna custom ROM. Por ejemplo, el ZTE Axon tiene un Snapdragon 810, pero no fue nada popular, así que casi no tiene desarrollo. Si te interesa el tema de flashear ROMs, está bueno mirar si es un teléfono que tuvo éxito o si no lo compró mucha gente.
En definitiva, influye más el modelo de celular en sí que la marca de procesador que tenga.
