Buenas tardes,
A mi siempre me ha detectado unos MHz de menos siempre que lo miro sin carga o sin estar en medio de ningún Benchmark, algo parecido a lo que te pasa a ti. En mi caso tengo un Ryzen 7 2700X al que le toque un poquito los Hz y los Voltajes para que no estuviera siempre dando el máximo. Yo no me preocuparía, ya que cuando estés en mitad de una prueba de estrés el procesador seguramente llegue al tope que le pusiste, en este caso 5GHz o 4.9 - 4.8 incluso, no te asustes si dentro de la aplicación que sea muestra un pelín menos, muchas veces no hay necesidad de que los marque clavados. También puede ser que tengas alguna opción activada en la bios que rebaje los Hz si no los requiere el sistema.