Yo te comento un poco por encima, igual puede servirte de orientación. Yo soy estudiante de arquitectura y en mi caso también los programas tiran sobretodo de CPU (fundamentalmente Autocad) tengo un MSI CX61-2PC que corresponde con la versión anterior al MSI que has puesto en el enlace (MSI GL62 6QF-849XES) y también tengo un sobremesa potente en casa (enfocado a diseño y edición fotográfica, aunque también lo use para jugar).
No se como de potentes son los programas que utilizas. Por lo que veo MatLAB tira sobretodo de CPU, aunque no reconoce los hilos virtuales del Hyperthreading de Intel, de modo que es posible que no notes mucha diferencia entre un i7 6700HQ y un i5 6300HQ ya que ambos cuentan con cuatro núcleos. Sin embargo un i7 6500U (modelo de bajo consumo) en los procesos que sólo utilices 1 núcleo el rendimiento será similar al 6700HQ, pero se resentirá en procesos que utilicen varios núcleos ya que el 6500U sólo tiene 2 núcleos.
MATLAB performance is dependent on the presence of floating-point hardware. On many CPUs, the number of Floating-Point Units (FPUs) equals the number of CPU cores. However, on some processors, a single FPU may be shared between multiple CPU cores, potentially creating a performance bottleneck.
Virtual cores may modestly improve overall system performance, but they are likely to have little effect on the performance of MATLAB applications. Intel CPUs with hyper-threading give the appearance that a computer has twice as many cores than it actually has. When using a tool such as Windows Task Manager, MATLAB may appear to use only half of the CPU cores available on the computer, when in fact the "unused" half is actually the virtual cores created by hyper-threading.
Por otro lado, el uso de discos SSD no mejora el rendimiento, salvo en operaciones que requieran multiples llamadas a archivos. Para mí el SSD es un compañero indispensable, pero si de momento no te llega la pasta, es mejor añadirlo más adelante.
The hard disk speed is a significant factor in MATLAB start-up time. Once MATLAB is running, disk speed is only a factor if a MATLAB application's performance profile is dominated by file I/O, or if your system is using virtual memory (see Memory section). For disk-intensive MATLAB applications or to improve the start-up time of MATLAB, you can take advantage of technologies such as solid-state drives or RAID.
También está el tema del uso de la GPU para el cálculo con Parallel Computing Toolbox, que requiere del uso de una gráfica dedicada Nvidia
To speed up computation, Parallel Computing Toolbox leverages NVIDIA GPUs with compute capability 2.0 or higher. See the compute capabilities of all NVIDIA GPUs. MATLAB does not support computation acceleration using AMD or Intel GPUs at this time.
El valor de computación de la gráfica lo puedes consultar en la página de Nvidia, te dejo aquí debajo los valores de las gráficas más recientes de portátil. Todas las gráficas de las gamas 10XX, 9XX y 8XX tienen valor superior a 2.0 por lo que podrías aprovecharlas. Si vas a aprovechar esta característica, yo intentaría ir al menos a por la GT940M (la GT930M creo que la montan muy pocos portátiles)
GeForce Notebook Products
GPU Compute Capability
GeForce GTX 1080 6.1
GeForce GTX 1070 6.1
GeForce GTX 1060 6.1
GeForce GTX 980 5.2
GeForce GTX 980M 5.2
GeForce GTX 970M 5.2
GeForce GTX 965M 5.2
GeForce GTX 960M 5.0
GeForce GTX 950M 5.0
GeForce 940M 5.0
GeForce 930M 5.0
GeForce 920M 3.5
GeForce 910M 5.2
GeForce GTX 880M 3.0
GeForce GTX 870M 3.0
GeForce GTX 860M 3.0/5.0(**)
GeForce GTX 850M 5.0
GeForce 840M 5.0
GeForce 830M 5.0
GeForce 820M 2.1
GeForce 800M 2.1
Dicho todo esto... las recomendaciones. Respecto a la pantalla, yo te recomendaría que intentes que sea FullHD, vas a ganar mucho espacio al aumentar la densidad de pixels, ya que los menús y barras de herramientas pasan a ocupar menos tamaño. El procesador tienes que pensar como de intenso es el uso que vas a darle, si ya vienes usando el programa te puedes hacer una idea, pero por lo que veo no descartaría los i5 6300HQ ni los i7 6500U, porque por menos de 750€ con un i7 HQ, gráfica, etc... hay muy muy poco donde elegir. Luego debes tener en cuenta también el tema autonomía, cuanto más potente sea el procesador, menor va a ser la autonomía. De hecho piensa cuantas horas vas a usar el portátil en la universidad para saber si necesitarás cargar siempre con el cargador. En mi caso tengo un i7 4712HQ y la batería no llega a las 2 horas de uso intenso, en ofimática y vídeo igual llega a 3 horas. La gráfica intentaría llegar mínimo a la 940M si realmente vas a usarlo para computación GPU con Parallel.
