Al poner el SO en el SSD este va mucho mas ligero.
Y si pones un HDD como disco secundario, al no estar con un SO instalado, este va mucho menos cargado, permitiendo así mejores tiempos de carga.
Esto se hace así porqué como dice
Lord Astur los SSD aún están a un precio demasiado alto y tienen menos capacidad que un HDD.
La diferéncia entre un SSD por sata o uno M.2 a la hora de la verdad es inapreciable tanto para el SO como para la carga de juegos, pero si que hay una diferencia con un HDD.
Con un SSD de 120GB o 256GB para el SO hay suficiente y después con un HDD de mínimo 1TB en adelante hay más que de sobra.
En cuanto a desempeño en juegos, ningún disco duro (SSD o HDD) va a mejorar o empeorar el rendimiento de un equipo, no va a afectar a los fps de los juegos, pero si que mejorarán los tiempo de carga en juegos muy pesados como GTA V, por ejemplo.
Si le echas un vistazo a mi firma podrás ver como en mis 2 PCs tengo esa misma configuración.