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Supongo que sí, Que sean disco M2, no quita que se comporten distinto a los SATA.
Solo acuerdate de que si instalas Windows en el disco1, el arranque de Ubuntu (que lo instalaras en el disco2) lo instales también en el disco1. Para que al encender el PC (que se iniciará por defecto en el disco1) puedas elegir el SO que vayas a utilizar.