Hola.
Hay dos tipos de M.2, los PCIe y los Sata 3, en los segundos lo único cambia es el tipo de conexión, de "cables" a "ranura en placa", por lo que no hay ninguna diferencia de rendimiento, aunque últimamente salen más económicos y tienen mayor durabilidad los M.2sata3.
Por otro lado los PCIe son totalmente distintos, tienen mucha mayor velocidad de transferencia y la latencia es menor, por lo que sí hay diferencia de rendimiento.
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Así que si tienes M.2 PCIe sí te recomiendo instalar el S.O. ahí. O simplemente si tienes SSD, instala el S.O. ahí.