Las temperaturas de los dispositivos que monta un Pc no dependen de
cómo estén conectados sino de
donde estén conectados.
Porque claro, si yo te dijera "oye mira, en el slot PCIex lo vas a tener mejor que con el M2 de la placa base" te mentiría directamente.
Todo depende del circuito de flujo de aire que tenga tu chasis, los ventiladores, etc.. Y como hay chasis de variopinto tipo, no puedo decirte "sí sí, te va a ir bien".
También interviene donde esté situado el chasis, porque no es lo mismo tenerlo bajo la mesa encajonado que encima de la mesa al aire libre, o cómo sea el chasis respecto si es agujereado o sellado.
Yo por ejemplo en mi chasis antiguo que era de estilo torre, el flujo de aire era vertical, el calor que tiende a ir hacia arriba, salía por arriba. Pero eso no quiere decir que se cumpla en todos los tipos de chasis.
En principio si tienes la placa montada en un chasis vertical tipo torre, el chipset, la gráfica y los dispositivos que hay conectados por debajo de esta se ventilan con el ventilador frontal inferior de la caja, pero no pasa aire frío. El aire que pasa por el ventilador fronta se caliente con los discos duros que están delante (generalmente), así que a su salida el aire ya va templado no frío.
Para que te hagas una idea, esta imágen es la más habitual:
Suponiendo que tuvieras un chasis similar, debes de tener en cuenta que como el aire tiende a subir, si colocas la unidad M2 en un adaptador PCIex y este mira hacia abajo, el aire caliente le costará más salir porque topará con el adaptador. Lo suyo sería poner un ventilador lateral que estuviera por debajo de la gráfica y apuntando a los zócalos PCIex.
Pero eso es cuestión de cada cual.
Si por ejemplo tuvieras un chasis sobremesa, el aire caliente puede salir con mayor libertad sin topar con nada.
En general, con un chasis normal vertical, las tarjetas situadas en los PCIex suelen tener más posibilidades de calentarse más.
En principio no importa sí está en el slot PCIex o M2 directamente, en iddle se te calentará de forma similar.