Entiendo que es un PC completo al que le has cambiado la placa base por otra placa base igual, no?
Si es así, prueba restableciendo la BIOS; desenchufa el PC y quita la pila 20 segundos, a ver si te arranca bien.
Revisa que esté todo bien conectado, desconecta todo si hace falta, sopla, pasa un pincel por si hay mal contacto, aprieta bien y nos comentas.