Depende del uso que le vayas a dar. Si vas a usar la grafica de la cpu, la z97-A tiene más salidas de vídeo (HDMI/DVI-D/VGA/DisplayPort), la z97 mark 2 solo tiene HDMI y DisplayPort. Si vas a usar una gráfica dedicada, esto te dará igual obviamente xD.
Por otra parte, la primera cuenta con una conexión para socket M.2 (¿vas a usar esa conexión?) que la segunda no tiene. Aparte la segunda cuenta con un par de puertos usb 2.0 más que la primera en la parte trasera, pero no tiene puerto ps/2.
Luego está la carcasa de la sabertooth, que sirve para mejorar la temperatura y evitar el polvo en algunas zonas, pero lo más importante (para mí) es que al ser de la serie TUF, cuenta con 5 años de garantía por parte de Asus.
Y por lo que he visto, la z97-A admite mayores velocidades a la hora de ocear la RAM (¿piensas ocearla?)
Yo personalmente, al mismo precio, me quedaría con la Sabertooth, pero ya te digo que depende del uso que le vayas a dar y las conexiones que necesites. En cualquier caso, ambas son buenas opciones.
Un saludo.