lo mejor, para evitar problemas y sobretodo pérdida de datos, es que sigas este proceso:
- desconectas todos los discos del equipo menos el SSD donde vas a instalar windows
- instalas windows en el SSD
- arrancas, instalas drivers y demás
- apagas y conectas el HDD donde tenias windows antes
- vas al administrador de discos de windows y quitas la letra de unidad de todas las particiones que no quieras
así quedarán en el disco, sin tocar nada, pero no las verás en "este equipo", y será como si no estuvieran.
si empiezas a eliminar particiones, intentar juntarlas y demás, el riesgo de pérdida de datos es alto y es fácil que suceda.