Yo como lo suelo hacer es:
Instalando el SO, cuando te pregunta donde o como lo quieres instalar, seleccionas el/los discos duros que quieras y le das al botón de "Formatear".
Lo deja limpio y no tarda apenas.
Una vez hecho, si te ha creado alguna partición la borras facilmente y ya está.
En su día yo hice un formateo a grado bajo creo que se llama, con un programa especial... tardó bastante y el resultado es el mismo... ya lo que tu veas.