Depende de la configuración base de tu NAS, no sabría decirte.
De hecho, encuentro muy raro las prestaciones. Un NAS debería manejar cualquier sistema de archivos pues el S.O. debe soportarlo, y no solo en lectura solamente sino también en escritura. Pero eso parece que cambia con las conexiones directas.
El hecho de que dependiendo del tipo de conexión que tenga el NAS cambie el sistema de archivos me hace pensar que usa una parte del NAS para un sistema de archivos y otra parte del NAS para otro tipo de sistema de archivos.
Esto implica dos puntos de montaje para una o varias unidades, dependiendo del tipo de RAID usado.
Así que a prori, yo revisaría el tipo de configuración que tienes, y aclárate si quieres usarlo de forma directa o por LAN, para que el NAS pueda reconfigurar las particiones para usar solo un tipo de sistema de archivos.
Tienes que tener en cuenta que un cliente de un NAS (que puede ser cualquier aparato o dispositivo) conectado bajo LAN no administra sistema de archivos ni puntos de montaje, no le requiere, pues no requiere detectectar dispositivo alguno, tan solo usar la red LAN para buscar máquinas que ofrezcan ciertos servicios, como un servidor samba (CIFS) o un servidor FTP o un servidor HTTP. Sin embargo, una conexión directa implica instalar un controlador en el dispositivo cliente para que pueda el sistema operativo del cliente reconocer la unidad, el hardware de la unidad, no solo los puntos de montaje.
Lo más probable es que la información grabada de forma directa se haya hecho en una partición del NAS que el sistema operativo del NAS, por LAN no puede compartir, por que por ejemplo el sistema de archivos de dicha partición no lo soporta (como el FAT32 que no puede manejar permisos, algo necesario para el hecho de compartir una carpeta o NTFS que requiere de una configuración un tanto "especial" en sistemas linux).
Es decir, resumiéndolo un poco. El NAS es una bonita casa que te has comprado, tienes 2 habitaciones (A y B). Con una habitación te conectas por LAN (A), con la otra te conectas mediante USB (B).
Puedes dejar trastos en las dos habitaciones (A y B), pero si entras en A no puedes llegar a B mediante A, y viceversa, si entras por B no puedes pasar a A mediante B.
La solución. Vacía las 2 habitaciones. Configura el NAS para borrar B y que el espacio de B se una al de A, dejando A más grande, podrás dejar lo que quieras en una única habitación y mediante LAN todos tus amigos (todos los dispositivos) podrán entrar en esa gran habitación y compartir unas birras reunidos (compartir información entre dispositivos sin restricción)
