yo he probado una gráfica en dos posiciones en mi placa base, una asus p7p55d deluxe, concretamente la gtx 570 en pci 2.0 a x16 y en pci 2.0 a x8 con pruebas de bench y juegos. Y tengo que decir que la diferencia es casi inapreciable, en guild wars 2 no he notado una diferencia tan notoria, uno o dos fps perdidos en x8 y en battlefield 4 lo mismo. te puedo dar cifras de bench:
en x16 4500 puntos y en x8 4300 puntos, con hwinfo las dos hacían transferencias al bus de 5 Gbits/s, así que la diferencia es inapreciable. no dudes en hacer el crossfire.
no te estoy diciendo que funcione mejor en x8 sino que funcionaría peor pero no tanto como para cambiar la placa, el tema de pci 2.0 - 3.0 no es tan distinto porque las gráficas no aprovechan todos los recursos. de algún lado tendrán que sacar para vender gráficas mejores.
Espero serte de ayuda y animarte a probar.