Sobre esto cada uno tiene su opinión. Lo que se persigue es enfriar el agua que llega caliente al radiador. Si sacas aire, el aire que pasa por el radiador vendrá de dentro de la caja y, por lo tanto, caliente. Si lo metes de fuera, el aire que pasa por el radiador será fresco ya que vendrá de fuera de la caja. También está quien prefiere sacar aire basándose en lo contrario, que el aire que sale de los ventiladores es caliente y si lo metes pues más calor dentro de la caja, que mejor sacarlo.
Es cuestión de analizar ambas teorías y decidir en función de la configuración de tu caja. Yo por ejemplo tengo el radiador en la parte trasera y arriba de la caja otros ventiladores sacando aire. Así que el aire caliente que sale del radiador, sube y sale directamente por arriba, no influye en el flujo de mi caja.