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Míralo con GPU-Z (en windows) y haz pruebas/bench, compara tus resultados con la red (y misma gráfica, obviamente), si tienes resultados similares, no hagas caso, podría ser ahorros de energía o bug de bios...
Quizás esté en modo reposo energético y reduce "la versión pcie" (reduce ancho de banda).
Danos más datos de tu equipo.
Es como dice Consultor, esta en modo reposo, si no hay carga, no hay necesidad que este en 3.0 x16, aunque te informa que puede estar en 3.0 x16, cuando hay carga.