En principio no hay problema con poner los tubos arriba, pero con el paso del tiempo en caso de micro evaporaciones o un mal llenado en un mantenimiento es mucho más fácil que le entre aire a la bomba cogiéndolo de los tubos por la parte de arriba que si están en la parte de abajo o el radiador en la parte superior.
Ejemplo práctico, coger un vaso y una pajita, meterla hasta el fondo y chupar y luego hacerlo propio poniéndola a 4 mm de la superficie, de qué forma es más probable que chupéis aire.
El aire sube para arriba y radiador por defecto siempre tienen que dejar un pequeño margen porque el agua al calentarse se expande, o sea que de fábrica todos tienen ya algo de aire, las mangueras suele estar a unos 4 o 5 mm de la parte superior, en caso de que tenga algo más de aire del debido por la circunstancia que sea ese aire acabaría llegando fácilmente a la bomba, los efectos puede llegar a ser desde un pequeño ruido, perdida de enfriamiento o a que se joda la bomba bastante antes de lo previsto.
Es por eso que se recomiendan ponerlos por la parte de abajo
Otra cosa a la hora de instalarla o durante una limpieza es mantener siempre el disipador por debajo del radiador e incluso agitar un poco para que si hubiese algo de aire este no se quede nunca en la bomba, sino que vaya hacia el radiador