Prueba dejar la caja abierta y si las temperaturas cambian drásticamente es que tienes un mal flujo de aire. Si tienes más entrada de aire que de salida, al final el aire caliente tiende a quedarse dentro. Es mejor siempre poner más salida que entrada para sacar aire caliente, el aire fresco entra "sólo" con que tengas un par metiendo.
Piensa que el flujo de fuera hacia adentro en cuanto pasa del ventilador la poca presión que lleva se pierde, por lo que (en mi opinión) siempre es más eficiente sacar más que meter. Si se hace al revés se crea un cuello de botella y el aire no fluye bien. No es que se vaya a calentar más, pero simplemente no refrigera lo que creemos que haría.
Hay que tener en cuenta que no es lo mismo que los ventiladores estén "relajados" a que estén a tope. Si tienes más entrada que salida en reposo puede parecer que está OK, pero al ponerse en estrés y aumentar las revoluciones puedes experimentar que entra más aire del que sale y no tener efecto tanto ventilador metiendo aire. Y al final de cuentas lo que te interesa es sacar calor.
