Si no son archivos bloqueados por el sistema supongo que es por el tamaño de los vídeos y el espacio disponible. Cuando se desfragmenta el disco duro el desfragmentador va haciendo hueco en el principio del disco moviendo los archivos que estorban donde puede para luego colocar los archivos que quiere sin fragmentar. Luego esos archivos que estorbaban en el inicio estorbarán en otro lugar, y tiene que volver a hacer hueco. Si llevabas mucho tiempo sin desfragmentar te tocará hacerle dos o tres pasadas, en mi experiencia funciona así. Mira también que no tengas un archivo excesivamente grande y fragmentado, quizá el programa lo da por perdido pero no debería, al final su función es buscarle hueco.