Ahm vale que lo tienes por minijack.... mmmm, entonces creo que la cosa va a estar en el apartado de sonido de realtek.
Hay unas opciones que dice algo como "separar" secuencias de audio, y lo de desactivar notificación de conectores delanteros, esos ajustes siempre solían generar conflictos asi que opte por desactivarlos siempre, desactivar opción de notificación de panel delantero y configurar que el "silenciar el dispositivo de salida posterior cuando se conectan auriculares frontales".
Que puede parecer una tontería pero estas opciones ilogicamente suelen ser algo puñeteras acarreando percances como digo ilogicos 100%.
Luego tambien hay una opcion en los ajustes de Windows en la seccion sonido, pestaña "grabacion", "microfono", "propiedades", "opciones avanzadas", y aqui tambien siempre suelo desactivar lo de "permitir que otras aplicaciones tomen el control exclusivo de este dispositivo", haciendo esto evitas que cualquier aplicacion cambie los ajustes que tienes puesto en el micro y digamos que hereda la configuracion completa del micro que tienes en Windows, y no al reves.
Suelo cambiar siempre la calidad de audIo a "audio en calidad DVD" siendo el rango maximo de frecuencias, 48 Khz (la calidad máxima de este apartado).
Seguido en cada aplicativo que haga uso de microfono configuraria correctamente el apartado de sonido seleccionando el microfono que tengas conectado a tu sistema, y no dejando las opciones "default" como dispositivo de entrada.
Ojo, no digo que con esto lo soluciones al 100%, pero partamos por aplicar una configuración concreta, a ver si conseguimos algo poco a poco.
No se me ocurre nada mas ahora mismo, y es curioso porque el único problema que he presentado en mis propias carnes o como testigo en otros equipos al usar minijack o usb es el hecho de que con minijack el audio era mas bajo en general y tocaba jugar un poco con la ganancia del micro y demás cosas, pero tu problema, aunque lo conozco, y se que sucede, no he llegado a trastear hasta los confines para dar con la solución eficaz del todo ya que no tengo entorno cercano para "simularlo" y buscar soluciones.
Que puñeteras son las tomahawk virgen santa XDD