¿Cómo has intentado eliminarla? ¿Has probado un buen gestor de particiones como el Paragon Partition Manager (mi favorito, no gratuito, pero lo puedes instalar de prueba)? También tienes el Parted Magic, totalmente recomendable, pero por desgracia ya no es gratuito. Como gratuitas y fiables, tienes el EaseUs Partition Master y, por supuesto, el administrador de discos de Windows (el menos recomendable).
Sería interensante que pusieras una captura del mapa del pendrive para ver la configuración e IDs de las particiones (y así saber sus tipos).
