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El sistema operativo por supuesto y los programas que quieras, yo tengo el sistema operativo y todos los programas y mas o menos ocupo 50 gigas del SSD, los juegos al HDD salvo si quieres instalar alguno en el SSD pero vamos que lo unico que ganaras son mejores tiempos de carga pero no mas FPS, ademas te dara para instalar dos o tres como mucho.
Corecto, el SSD hace la carga mas rapida; por ejemplo si estas jugando a algun juego multijugaddor vamos a poner el battlefield 4 te hace la carga del mapa mas rapida que al jugador que no tenga SSD, pero los FPS y demás es todo igual, de ahi como te dice josemari_72 que lo primero meter el SO y programas ya que con los juegos lo vas a llenar con 2-3 y solo vas a ganar que te carge antes, pero vamos si quieres meter algun juego nadie te quita de ello
Pues instala los programas que te interese de cargar rápido. Sistemas operativos, Photoshop (si lo usas, ya que es farragoso y algo lento de carga), Word,Excel, Drivers...Y si quieres pues algún juego.