Yo tuve y he visto problemas similares, en mi experiencia podría ser una de las siguientes:
1. Un disco duro está fallando (poco probable viendo que que los resultados del test son adecuados, pero no imposible)
2. El cable SATA de uno de los discos está en mal estado (puede provocar tirones, cuelgues, etc.)
3. Drivers -- Reinstalar los drivers de la GPU (Con el programa DDU los desinstalas fácil y simplemente los vuelves a descargar de la pág de Nvidia) - Instalar los drivers del chipset de AMD - Actualizar la BIOS de la placa base
4. Windows, el culpable más habitual (lo más fácil es reinstalar y pista)
5. Puede que la placa base esté en las últimas, ya que es bastate vieja y era de las económicas. No se si puede provocar los problemas de los que sufres pero una placa base moribunda puede tener comportamientos muy raros (a mi por ejemplo se me congelaba en el primer arraque, pero en el segundo nada, era como si tuviese que calentar, jaja)