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Problema de 'interferencias' no deberías de tener, eso sí, es posible que el rendimiento del SSD sea distinto dependiendo del slot o ranura donde lo pinches. Normalmente las conexiones PCIe que dependen de la CPU son más rápidas que las del chipset.
Te dejo un ejemplo de un mismo SSD conectado en 4 ranuras diferentes de una misma placa: M.2 y PCIe x16 que van a la CPU, y M.2 y PCIe x16 que van al chipset. Es en plataforma AMD, pero vale como ejemplo. Esto no es una regla fija, sólo una posibilidad, ya que dependerá de la placa y el propio SSD.