Si la caja tiene rejillas por abajo, es recomendable colocar la fuente boca abajo, así coge el aire de fuera y lo expulsa por atrás, sin pasar por dentro de la caja (siempre que tenga algo de espacio entre la torre y la mesa para que pueda respirar, nunca mejor dicho).
Luego hay fuentes que tienen modo híbrido (y que lo tengas activado...), no he mirado la tuya si lo tiene o no, y en estos casos sí se recomienda poner la fuente boca arriba (siempre que la caja tenga rejilla justo encima de la fuente) para que el aire caliente que va produciendo salgan por arriba, hacia dentro de la caja, y de ahí lo expulse al exterior, porque en este modo el ventilador funciona de manera semipasiva y mientras no esté en carga estará parado.
Creo que me he explicado como el culo, así que si tienes duda pregunta jejeje