Veamos, todo depende de para lo que quieras usar el M.2, y a que puerto te refieres.
Si es puerto PCIe MVME, sin problemas puedes hacer lo que quieras.
Pero si es PCIe X1,X4,X8, o X16, con adaptador.
Que es para datos, no vas a tener problemas, solo seguir los pasos del instalador de Windows que te aparecerá para darle formato.
Que es para el sistema operativo, se puede, pero dependerá de las opciones que te de la bios en el menú de arranque.
Particularmente a mi se me activó accidentalmente, pero es una placa mucho mas moderna que la tuya.
Normalmente es como te deje configurar el módulo CSM, te debe de reconocer la partición de arranque por PCIe, tienes que ver en la bios la UEFI de windows boot manager del M.2 del adaptador de PCIe.
Donde no te puedo ayudar es en la instalación desde 0, ya que el M.2 que me funcionó le instalé el sistema operativo por puerto PCIe NVME, y después lo puse en un adaptador de PCIe X1 con Windows 11, como no me gustó y pensaba que poniéndolo en un adaptador, no arrancaría, pero en una actualización de bios me arranco W11 después estando en el adaptador de PCIe X1.
Puedes clonarlo pero no se si será efectivo el clonador, a mi el que mas me gusta es el Clonezilla, tienes un tutorial muy bueno en youtube, todo es probar.
Saludos