Es muy raro que siendo la misma placa te de problemas cambiar una por otra, diría que imposible.
Intenta rebuscar en las opciones de los discos duros a ver si encuentras lo de IDE/AHCI, aunque en estas placas "de marca" quien sabe, tienen mil cosas bloqueadas, desaparecidas, igual no tienes esa opción, pero en tal caso no sería posible que lo tuvieses mal, por lo que tendría que funcionar si o si.
No tiene ninguna lógica lo del jumper del clear cmos. Busca las instrucciones de la placa, una de las dos tiene que estar mal
En caso de que te hubieses estropeado el arranque de windows, el BCD, yo intentaría arrancar desde las opciones que te da algún disco Hirens o similar, y luego ya lo arreglaría con EasyBCD. Pero este no debería ser tu caso si no has estado jugando con el arranque de windows.
Que "suertudo" eres en que hayas hecho el cambio de Win7 en distintas plataformas
mil veces sin ningún problema 
Y por el contrario dices que; "
Seguramente los que mas problemas te puedan dar serán los actuales windows."
No es suerte, era lo normal, no había problemas. Aunque se me olvidó mencionar que es bueno tener los drivers de los puentes sur instalados previamente, que es quien controla el disco duro, por ejemplo: Controller...
3a26 y 3a20 para el ICH10 ,,,3a22 si es con AHCI
2926 para el ICH9, y 2920 si es con raid
27df y 27co para el ICH7
...
y así ya puedes ir cambiando el disco duro con las instalación hecha, de una placa a otra sin problemas.
Respecto a los windows nuevos, llevan mas mierda antipirateo, que mira la placa base y tal y puede quejarse.
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P. D : Ahora que veo la placa, si es una con chipset nvidia y la geforce 6100 integrada!!, del medievo, que recuerdos yo tuve una igual, bueno, de otra marca. No se si en esa época existía el AHCI, o si en caso de existir era ya popular como para que una placa de gama baja lo llevase. Pero como ya he dicho, en caso de ser así, sería un problema menos, tendría que funcionar si o si.
