Bueno, es que es verdad, usar un adaptador a USB no implica que detecte el HDD, sino el adaptador. Puedes verlo en los dispositivos conectados porque no marca el firmware del HDD sino el controlador del adaptador USB, es imposible que te marque un HDD USB como SATA 2, simplemente porque no hay SATA 2.
Ahora, dices que es otro HDD de 2,5" que conectado a tu placa base marca SATA 1, ¿no es eso?
Pues si es eso y ya has actualizado la bios del Pc, no queda otra que la placa defectuosa, porque en las configuraciones de bios no aparece nada raro.