Hola,
Lo del cpu fun 2 si que me parece algo problemático, dices que te funciona en cualquier otro conector y que cualquier otro ventilador funciona en el cpu fun 2, muy fácil, desmonta el que tienes delante (cpu fun 1) para ponerlo detrás y viceversa, no se si serán los dos ventis iguales o si te interesa mas la otra configuración pero podría ser una posible solución.
Lo de que no te las rpm de los 5 ventis del cha fan 1 me parece normal, cada conector solo puede controlar un solo canal, aunque se pueden poner varios ventiladores a la vez solo te muestra los rpm si están en paralelo y si son modelos idénticos (si son diferentes directamente no funcionan) con el mismo consumo, revoluciones, etc. con lo que todos funcionarían exactamente a la misma velocidad como si fuesen un único ventilador y en ese caso te dará la información como un único ventilador aunque haya mas conectados, pero tu tienes una placa al conector que a su vez controla los diferentes fans, con diferentes canales, cada uno a su velocidad etc. solo el software compatible con la placa de ventiladores te dará la información de estos y por eso no te detecta que haya ventiladores porque no puede controlar la velocidad de varios ventiladores en el mismo conector con diferente canal, solo los alimenta. Por eso necesitas la placa si no, que sentido tiene ponerla.
Yo tengo un controlador de ventiladores en la bahía 5.25 y por lo que he trasteado he llegado a esa conclusión, que por un lado es bastante lógica.
Prueba a cambiar de posición los ventis del disipador a ver si así funcionan.