La posicion del hdd viene a dar un poco lo mismo. Que no lo quieres tener cerca de la gpu, pues ponlo en otro sitio, pero vaya, que no generan tanto calor como para poner en apuros a una gpu. En todo caso, lo que impediria seria el flujo de aire. Lo bajas un poco y listo.
Diferencias entre rpms? Pues que para ventilar cajas, jamas recomendaria ningun ventilador de mas de 800 rpms. Practicamente cualquier ventilador hace ruido cuando suben por encima de las 800 rpms. Si no eres muy tiquismiquis, aguantas hasta las 1000. Mas de eso, se hace demasiado audible.