Error mi friend... eso no es asi. El tamaño de las particiones debe ser igual, independientemente de cuan ocupada esté la partición a clonar. A parte de los problemas que sueles ocurrir al clonar de HDD a SSD debido a las diferencias en su funcionamiento. De hecho, al instalar el SO este determina el tipo de disco y las optimizaciones a realizar (p.e., si realizar desfragmentación para los HDD o ejecutar TRIM para los SSD). Quizá el sistema al arrancar nuevamente en otro disco haga las correcciones necesarias, pero nunca es igual a empezar de cero.
En este punto y por prueba, haría una instalación limpia del SO en el SSD, solo para ver si funciona adecuadamente e intentar acceder igualmente al HDD y verificar que todo sigue ahí. Desde el nuevo SO podrías redimensionar la particion del HDD (cosa que siempre tiene su porcentaje de riesgo asociado) y anotando el tamaño exacto en el cual quedó para que, si aún lo deseas, arrancar nuevamente con el HDD, y desde alli clonar hacia el SSD, nuevamente formateado claro está. Lo veo mas trabajoso que simplemente reinstalar todo en el SSD y recuperar lo que te importe del HDD y ya; si hay algunas cosas que reinstalar pues eso lo veo mejor que hacer todo lo demás con el riesgo de que no quede 100% estable.
