Si que es un marron.
A ver por partes,
Lo del led dices uno azul, en el manual hay en la hoja 47 una tabla de los leds de la placa. En azul solo aparece uno que indica que estas trabajando sobre la bios A, no dice que sea el led del clear cmos.
Asi que entiendo que la bios que tienes mal es la A y la B debe de estar sin actualizar para la serie 7 de intel y mejor no tocarla no vaya a ser que nos carguemos las dos bios.
Lo que toca es como dices recuperar la A, seguimos el procedimiento que indica el manual, switch de bios en posicion A, la bios que te bajaste de la pagina de soporte la descomprimes en el directorio raiz del pen, previamente formateado a fat32, renombras a MSI.ROM el fichero de la bios que tiene el nombre E7968IMS.1C0, enchufas el pen en el usb trasero del flashback, aprietas el boton flashback al lado de los zocalos de la ram y empieza a parpadear en azul el led de la bios A, espera hasta que se apague. Y en principio deberia de funcionar.
No me creo que sea tan dificil esto, perdona que no te echo nada en cara, pero Dios, esto es la monda.