Los pines de los "ventiladores" van así:
Rojo = Alimentación
Negro = Tierra
Amarillo o Verde= RPM (el que reporta la velocidad)
Azul= PWM (el que regula por pulsos)
Las dos formas de controlar la velocidad de un ventilador son las siguientes:
DC o por voltaje: Le alimentas en vez de los 12v para que vaya a máxima velocidad, con algo menos (lo que hacen los headers de 3 pines).
Por PWM: El ventilador se alimenta con 12v pero hay "otro circuito" en el ventilador que controla ese voltaje a través de una señal (PWM) que lo que hace asi explicado a lo basto, es alternar pulsos (como la corriente alterna).
El cable de EK lo que hace es lo siguiente:
Rojo (ALIMENTACIÓN) y Negro (TIERRA) a través de un MOLEX, por lo que "pierdes" la habilidad de controlarlos por voltaje desde la placa base.
Amarillo o Verde (REPORTAR A QUE VELOCIDAD VA) y Azul (CONTROLADOR DE PULSOS) a través de la placa base.
Si me he explicado muy mal, puedes buscar en google algo así como "Diferencias entre controlar por voltaje o por PWM" y seguro que lo explican mejor xD.
Igual no me explicado bien, los ventiladores de 3 pines varían su voltaje para controlar sus rpm, es decir a 12v van al 100% a 6v al 50, pero los pwm son pulsos de 12v que se espacian en el tiempo dependiendo de las rpm que se quiera alcanzar.