sobre la temperatura, las rejillas laterales (sin ventilador) sirven porque puede hacer una función vital en la tarjeta gráfica, básicamente hace que circule el aire caliente de la gráfica. y esta no se acumule en el interior. aunque es fácil de solucionar.
pero en un principio con tu chasis si le metes un ventilador en la parte superior, justo atras del disipador de la cpu, eso aliviara considerablemente las temperaturas de tu pc.
pasando al metracilato.
siendo de 2,5mm de espesor tu chapa, pues has de usar bajas revoluciones (para no derretir/quemar el metracilato). también puedes mojar la broca en agua u aceite, así rebajas la temperatura de la fricción y evitas que se derrita.
usa brocas afiladas, básicamente se puede hacer el truco que se hace con el cristal. es poner cinta adhesiva/aislante en la zona que vas a taladrar,
asi videos ilustrativos:
y ya como ultimo: aunque habla más bien de grosores mayores al que vas a usar.
Metacrilato y Policarbonato, tecnicas de trabajo caseras
en un principio 2,5mm no vas a tener problemas.
si tienes otro "cacho" de metracilato por ahí en tu casa, practica con el.
también es saber que herramientas dispones para hacerlo.
este articulo explica muy bien como taladrar:
METACRILATO, preguntas frecuentes. | el blog de IRPEN