El HPET será bueno para AMD, pero malo para Intel. Yo no he probado AMD, pero sí Intel estos últimos tiempos, y si pones el HPET pierdes rendimiento. En mi placa actual incluso ralentiza el ratón en sistema operativo. Desde Windows 10 el HPET ha quedado en desuso. En HWBot lo exigen para algunos benchs para asegurar que no hay truco, eso sí.
De todos modos, de lo que específicamente se hablaba es de quitar basura del sistema operativo cuando lo tienes muy cargado. Por eso lo del msconfig, sin necesidad de formatear, ayuda bastante para agilizar el Windows. Cosa diferente de modificar el reloj de sistema, hablando del HPET, lo cual puede favorecer a AMD según tu experiencia.
La experiencia de otros y de la propia AMD no parece ser la tuya:
RyzenMaster and HPET can make your Ryzen computer run slower - PC World Australia
Aconsejan deshabilitarlo, como sucede con Intel, al igual que el RyzenMaster.